Структура и штатная численность Контрольно-счетная палата утверждена решением Думы муниципального района «Качугский район» от 28.05.2021г. №63 в составе председателя Контрольно-счетной палаты муниципального образования «Качугский район», инспектора Контрольно-счетной палаты и главного бухгалтера — 0,25ставки.
Председатель Контрольно-счетной палаты назначается на должность Думой муниципального района «Качугский район» сроком на пять лет.